פרופ' שילוני מנתח באופן פרטי בבתי החולים הבאים: בית החולים אלישע, חיפה  ובית החולים אסותא, לב המפרץ, חיפה 

פרופ' שילוני עובד עם מטופלים המגיעים אליו באופן פרטי, עם מבוטחי שירותי בריאות כללית (כללית מושלם ודקלה), מבוטחי מכבי וכן עם מבוטחי כל חברת הביטוח הפרטיות: הראל, כלל, מנורה, איילון, מגדל והפניקס.